El sistema de investigación es el conjunto de procesos que contribuyen a la generación y transferencia de conocimientos, tecnologías e innovación. Lo integran el Vicerrectorado de Investigación y sus dependencias relacionadas con los referidos procesos, las unidades de investigación de las facultades, la escuela de posgrado, la oficina de informática y tecnología de comunicaciones, la biblioteca agrícola nacional, los centros e institutos de investigación. Lo coordina el Vicerrector de Investigación y en caso de delegación, el responsable de la Dirección de Gestión de Investigación.

Para realizar sus actividades, los docentes, estudiantes, jefes de práctica, graduados, ayudantes de cátedra y laboratorio, conforman equipos de investigación, tales como grupos, círculos, programas, centros e institutos. El Vicerrectorado de Investigación promueve la conformación de estos equipos, a través de fondos concursables, premios, distinciones y estímulos a la producción científica.