El 23 de junio del 2003 la Magister Delia Infantas, Decana de la Facultad de Ciencias, solicita la creación del Instituto de Investigación deBioquímica y Biología Molecular de los Recursos Naturales Andinos y Amazónicos IIBBM-RNAA (comunicación N° 500-2003/FC), el expediente de creación fue realizada por el Magister Bioquímico Jorge Chávez Pérez, el mismo que aprueba mediante resolución N° 383-2004-UNALM del 26 de julio del 2004. Al año siguiente, se aprueba el expediente técnico para la construcción de los laboratorios y equipamiento básico con un presupuesto de 1’850,488.40 nuevos soles, finalizando su ejecución el 2007.  El 25 de agosto del 2009 se crea el Instituto de Investigación de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM) por Resolución N° 0848-2009 CU-UNALM. En el mismo año se inició la implementación del Laboratorio de Genética Molecular Animal, con fondos del proyecto ALFAIII de la Unión Europea y el 2012 se instalan nuevos equipos por donación del Consejo de Ministros del Gobierno de Japón por un monto de ¥ 69 700 000.00 yenes.

Desde el inicio, el IIBBM ha tenido como propósito convertirse en un centro de investigación nacional de referencia en el campo de la Bioquímica y Biología Molecular desde una mirada de la prospección sostenible que permita la puesta en valor de la biodiversidad Nacional promoviendo la creación de riqueza y el bienestar de la sociedad. Asimismo, el IIBBM proyecta sus actividades al contexto internacional mediante colaboraciones con entidades académicas y científicas de referencia, en el marco de la internacionalización progresiva de la UNALM. El IIBBM se estructura en 05 grupos de Investigación: Bioquímica Vegetal, Neurociencia, Biología Molecular y Genómica, Enzimología y Bioprocesos y Tecnología emergente, alimentos y salud, que realizan sus actividades investigadoras en un marco organizativo que fomenta la interacción y colaboración científica entre los miembros del instituto. El IIBBM y sus investigadores mantienen colaboraciones y programas de intercambio con universidades, centros de investigación y laboratorios internacionales. Desde su creación el IIBBM ha ejecutado actividades de investigación financiamiento por CONCYTEC (FINCyT, actual ProCIENCIA) e INNOVATE Perú que han permitido, junto a los recursos propios gestionados en los últimos años, fortalecer su infraestructura y su productividad científica.